Depozice je jedním z klíčových faktorů ve vztahu emisí znečišťujících látek a jejich vlivu na lesní ekosystémy, hlavním cílem jejího sledování je stanovení depozice do lesních porostů – koncentrací, celkového množství a ročního toku acidifikujících látek, forem dusíku a síry a vývoj depozice a depozičních procesů v čase.
Depozice acidifikujících a eutrofizujících látek, bazických kationtů, fluoridů a chloridů je sledována na sedmi plochách intenzívního monitoringu – Benešovice, Medlovice, Klepačka, Lazy, Luisino údolí, Všeteč a Želivka, a to na volné ploše (bulk) v blízkosti monitorační plochy a pod porostem (throughfall). V bukových porostech je navíc sledován stok po kmeni (stemflow), který významně přispívá k depozici látek do porostu.
Pro sledování depozice se v porostu používají v letním období tři polyetylénová koryta se záchytnou plochou 0,4 m2, v zimním období čtyři sněhoměry o průměru 23,3 cm. V bukových porostech je instalováno zařízení pro sběr vody stékající po kmenech stromů. Na volné ploše jsou v letním období umístěny tři srážkoměry se záchytnou plochou 0,05 m2 a v zimním období tři sněhoměry se stejnou záchytnou plochou. Vzorky srážkové vody se odebírají v desetidenním intervalu (tři odběry za měsíc). Po odběru se zamrazí a před vlastními analýzami se slévají v laboratoři na měsíční směsné vzorky.
Chemické analýzy vzorků provádějí Zkušební laboratoře VÚLHM. Stanovují se tyto parametry: pH, alkalita, vodivost při 25°C, S-SO42-, N-NO3–, N-NH4+, Cl–, F–, Al, Ca, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P-PO43-, Zn, TN a DOC.
Data z ploch VÚLHM jsou každoročně předávána také do databáze ČHMÚ a prezentována v tabelárních ročenkách.
