Dr. Ing. Antonín Němec spolu s dr. Ing. Karlem Kvapilem prováděli první výzkumy v otázkách poklesu produktivity lesních půd a jejich acidifikace a to již na počátku 20. století. Tehdy ještě jako pracovníci Státního výzkumného ústavu pro produkci rostlinnou v Praze.
Na konci roku 1922 nabídli své služby lesnickému výzkumu. Připravili koncepci výzkumu biochemických vztahů lesního stanoviště k různým formám porostů a jejich přirozeného zmlazení a výzkumu acidity lesních půd a připravili i návrh potřebného rozpočtu na vybavení takového pracoviště. Jejich návrh byl přijat a tak byl dne 6. 12. 1922 založen biochemický ústav jako součást Státních výzkumných ústavů lesnických v Praze. Antonín Němec byl jmenován jeho přednostou.
Kromě již zmíněných témat patřily k jejich úkolům také otázky biologie a fyzikálních vlastností lesních půd, studium humusu a jeho rozkladu, problematika hrabání steliva na stav zásob živin v lesních půdách, na to navazující studie o koloběhu prvků (především dusíku) v lesních půdách a další.
V roce 1935 ústav dokončil mapování výskytu degradovaných půd pro celé území Československé republiky.
Mezi další významné aktivity patřily pokusy s hnojením v lesních školách a následně i na degradovaných půdách lesních porostů. Právě Antonín Němec byl výraznou osobností i v otázkách agrochemického testování půd (více informací zde).
Vybrané publikace Antonína Němce na téma hnojení půd:
NĚMEC, A.: Zjištění potřeby hnojení půd v lesních školkách. Čs. les, 12, 1932, č. 6, s. 43 – 46.
NĚMEC, A.: Vliv jednostranného hnojení fosforečnými hnojivy na vzrůst sazenic smrku v lesních školkách. Sborník ČSAZ č. 12. Praha, Čs. akad. zeměd. 1937, s. 631 – 641.
NĚMEC, A.: K jarnímu hnojení lesních školek. Les, 21, 1941, č. 13, s. 213 – 217.
NĚMEC, A.: Hnojení lesních kultur. I. Lesní školky. Praha, Novina 1942. 99 s.
NĚMEC, A.: Hnojení lesních kultur. Lesní školky. Praha, Brázda 1948. 216 s.
V roce 1936 zahájil ústav z podnětu lesnické praxe studia o vlivu kouřových plynů na chemické složení půdy, jehličí, kůry a dřeva smrkových porostů. I v této problematice hrál Antonín Němec významnou roli.