Do Výzkumného ústavu lesního hospodářství a myslivosti (tehdy do VÚLH) nastoupil v roce 1952 po několikaleté praxi v oblasti hospodářské úpravy lesů Lesprojekt Plzeň.
Jeho působení při zařizování lesů mu umožnilo poznání lesních ekosystémů, zákonitostí růstu lesa, lesního prostředí, pěstování a ochrany.
Ve VÚLHM začal pracovat v oddělení vedeném Dr. Antonínem Němcem, jako specialista na výživu lesních dřevin a od padesátých let minulého století se zaměřením na sledování vlivu imisí ze znečištěného ovzduší na lesní ekosystémy.
Po úmrtí Dr. Němce se Ing. J. Materna, CSc., stal vůdčí osobností výzkumu v oblasti fyziologie a výživy lesních dřevin a v problematice působení průmyslových imisí na lesy jak ve VÚLHM, tak i v ČR. Stal se koordinátorem a vedoucím specialistů zabývajících se těmito problémy.
Neméně významnou byla jeho angažovanost na mezinárodním poli. V 70. a 80. letech byl Ing. J. Materna, CSc., vedoucím sekce 2.09 – Air Pollution při IUFRO a uspořádal v naší republice několik mezinárodních odborných akcí na nejvyšší úrovni (Marianské lázně, Most). Jejich velkým přínosem byl přísun aktuálních zahraničních informací o zaměření a výsledcích výzkumu v této oblasti.
Ing. Jan Materna, CSc. odešel z ústavu, jako důchodce, v roce 1993 a věnoval se své odbornosti v ÚKZÚZ. Během více než 40 leté práce ve VÚLHM ovlivnil řadu generací lesnických výzkumníků, se kterými se rozdělil o své životní a odborné zkušenosti a znalosti, jako vedoucí útvaru, školitel a vážený kolega.
Široká publikační činnosti je odrazem jeho vědeckovýzkumné činnosti opírající se o široké znalosti mnoha vědních oborů.
- 117 článků v mnoha tuzemských i mezinárodních vědeckých a odborných časopisech
- 19 příspěvků ve sbornících konferencí konaných u nás i v zahraničí
- Je autorem 5 knih
- Úspěšně obhájil 31 závěrečných zpráv o výzkumných projektech
Přehled v datech:
- 1945 – 1948 Lesnická fakulta ČVUT
- 1948 – 1952 Lesprojekt Plzeň
- 1952 Výzkumný pracovník oddělení lesnické biochemie
- 1958 Výzkumný pracovník oddělení lesního prostředí
- 1961 Získal titul Kandidát věd (CSc.)
- 1963 – 1971 Náměstek ředitele pro výzkum
- 1968 Vedoucí laboratoře – fyziologie a výživa lesních dřevin
- 1976 Vedoucí oddělení – fyziologie a radiobiologie
- 1980 – 1986 Vedoucí útvaru ekologie lesa
- 1986 – 1990 Vedoucí útvaru ekologického monitoringu
- 1990 – 1993 Vědecký pracovník ekologického monitoringu