VÚLHM, v. v. i., provozuje referenční a zkušební laboratoře zaměřené na problematiku studovaných oborů a řešených výzkumných projektů:
- Útvar zkušebních laboratoří je specializované pracoviště se zaměřením na provádění kvantitativních analýz hlavních složek lesního ekosystému, tj. vzorků půd a humusů, rostlinného materiálu (jehličí, borůvky, houby, biomasa) a vzorků povrchových, srážkových a půdních vod.
- Stanice GEP – referenční laboratoř testování pesticidů
Činnost laboratoře spadá do útvaru Lesní ochranné služby. - Semenářská kontrola – akreditovaná zkušební laboratoř
Laboratoř semenářské kontroly je zřízena při výzkumné stanici v Kunovicích. - Školkařská kontrola – akreditovaná zkušební laboratoř
Zkušební laboratoř č. 1175.2 „Školkařská kontrola“ (ZL ŠK) je akreditovaným pracovištěm pro hodnocení morfologické a fyziologické kvality sadebního materiálu lesních dřevin (SMLD), uváděného do oběhu. - Zkušební analytická laboratoř
Chemická laboratoř zaměřená na analýzu vzorků vod, půdy a rostlinného materiálu. - Dendrochronologická laboratoř
Dendrochronologická laboratoř zaměřená na dendroekologická témata (růstová reakce dřevin na měnící se podmínky prostředí – změny teplot, imisní zátěže, depoziční zátěže, biotičtí činitelé apod.).