Základem hodnocení biodiverzity lesů je monitoring přízemní vegetace, který byl v některých letech doplněn hodnocením mrtvého dřeva a epifytických lišejníků.
Přízemní vegetace, jíž se rozumí keřové (E2) – dřeviny od 0,5 do 5 m výšky, bylinné (E1) – byliny a semenáčky dřevin do 0,5 m výšky a mechové patro (E0) – mechorosty a lišejníky, je na monitoračních plochách sledována od roku 1993, systematicky pak od roku 1995. Účelem je zachytit a zdokumentovat jednak aktuální typologickou a fytocenologickou charakteristiku vegetace a její odlišnosti na jednotlivých stanovištích, a jednak monitoring změn probíhajících v čase pod vlivem přírodních a antropogenních faktorů prostředí.
Hodnocení je prováděno v pětiletých intervalech. Základní šetření je prováděno v letním aspektu, přičemž na některých plochách s významným střídáním aspektů je zachycován i jarní aspekt. Stav vegetace je hodnocen semikvantitativní metodou fytocenologických snímků. Snímkování je prováděno na kruhových plochách o rozloze 400 m2 (kruh o poloměru 11,28 m), umístěných ve středu monitorační plochy. U každého druhu je zaznamenána jeho početnost a pokryvnost podle upravené osmičlenné kombinované stupnice abundace a dominance podle Braun-Blanqueta:
- r – druh velmi vzácný, většinou pouze jeden jedinec nebo několik se zanedbatelnou pokryvností
- + – druh vzácný (ale alespoň dva jedinci na ploše) nebo občasně se vyskytující, ale s malou pokryvností
- 1 – druh početný, ale s malou pokryvností nebo méně početný s vyšší pokryvností, nejvýše ale 5 % (často ojedinělé keře nebo vzácnější trávy)
- 2a – druh velmi početný (hojný) při velkém počtu malých jedinců s pokryvností kolem 5 % nebo při menším počtu větších rostlin pokryvnost 5 – 15 %
- 2b – totéž jako 2a, ale pokryvnost je vždy 15 – 25 % celkové plochy
- 3 – druh s pokryvností 25 – 50 %
- 4 – druh s pokryvností 50 – 75 %
- 5 – druh s pokryvností 75 – 100 %
U stupňů r, +, 1, a 2a se přihlíží spíše k početnosti populace, u vyšších stupňů pouze k pokryvnosti jednotlivých druhů. Na celé ploše 2500 m2 je pak ještě pořizován soupis ostatních vyskytujících se druhů. Kromě toho je prováděno měření průměrné výšky jednotlivých pater a odhadována jejich celková pokryvnost. Dále je odhadovánana procentuální pokryvnost holé půdy a opadu.
Na všech sledovaných plochách je prováděna typologická (Průša 2001) a fytocenologická charakteristika vegetace (Moravec a kol. 1995, Chytrý a kol. 2001). Jednotlivé plochy byly zařazeny do vegetačních jednotek na základě potenciální přirozené vegetace podle Neuhäuslové (Neuhäuslová a kol. 1998).
V roce 2011 byl přijat manuál na hodnocení mrtvého dřeva (kapitola VII H1) a epifytických lišejníků (kapitola VI–2). Tyto metodiky již byly předtím použity a vyzkoušeny v projektech ForestBiota a BioSoil. Hodnocení mrtvého dřeva spočívá v měření biometrických parametrů stojících i ležících suchých stromů resp. kmenů včetně pahýlů. Dále jsou měřeny všechny pařezy a hrubé kusy dřeva o průměru nad 10 cm. U všech částí je hodnocen stupeň rozkladu.
Hodnocení epifytických lišejníků je v programu ICP Forests dobrovolné. V ČR bylo provedeno zatím jen na třech plochách v rámci projektu ForestBiota. Na každé ploše se provádí na dvanácti náhodně vybraných stromech o výčetní tloušťce nad 13 cm.
Údaje o přízemní vegetaci a jejích změnách byly mj. zpracovány v rámci projektu FORSOIL, k dispozici je také jako praktická pomůcka Metodika hodnocení přízemní vegetace.