Na šestnácti plochách druhé úrovně probíhá podrobné hodnocení zdravotního stavu lesa a faktorů prostředí, které ho ovlivňují. Plochy byly postupně zakládány od roku 1994, poslední rekonstrukce proběhla v roce 2004 v návaznosti na naplňování Národního lesnického programu ČR (NLP), tak, aby byly pokryty hlavní dřeviny v oblastech jejich přirozeného výskytu proporcionálně k jejich zastoupení (SM 50%, BO 20%, DB 10%, BK 10%, ostatní 10%) v lesích Česka.
Přehled existujících ploch II. úrovně monitoringu
Program intenzivního monitoringu lesních ekosystémů je v současnosti financován z prostředků poskytovaných Ministerstvem zemědělství.
Práce probíhají v souladu s harmonogramem projektu ICP Forests a metodicky se řídí podle schváleného manuálu (MANUAL on methods and criteria for harmonized sampling, assessment, monitoring and analysis of the effects of air pollution on forests), jehož jednotlivé části jsou k dispozici na www.icp-forests.net.
